Στις αρμοδιότητες του ανωτέρω τμήματος υπάγονται ιδίως:
- Η συγκέντρωση και επεξεργασία των απαραίτητων στοιχείων για την κατάρτιση και αναμόρφωση του τακτικού προϋπολογισμού και του προϋπολογισμού δημοσίων επενδύσεων και η μέριμνα για την έγκυρη υποβολή του στα αρμόδια όργανα προς έγκριση ή αναμόρφωση.
- Η σύνταξη του απολογισμού και ισολογισμού και η υποβολή τους στα αρμόδια όργανα προς έγκριση.
- Η παρακολούθηση της εκτέλεσης του προϋπολογισμού καθώς και η υποβολή προτάσεων για την αντιμετώπιση των προβλημάτων που ανακύπτουν κατά την εφαρμογή του.
- Η παρακολούθηση των εσόδων του Ιδρύματος (επιχορηγήσεις από τον Κρατικό Προϋπολογισμό και δημόσιες επενδύσεις, επιχορηγήσεις από λοιπούς φορείς, επιστροφές χρημάτων, έσοδα υπέρ τρίτων κ.λπ.).
- Η έκδοση των γραμματίων είσπραξης.
- Η εισήγηση για την έγκριση από τα αρμόδια όργανα των δαπανών, καθώς και η διεκπεραίωση των εγκριτικών αποφάσεων.
- Η εισήγηση για τη λήψη των μέτρων που απαιτούνται για την έγκαιρη χρηματοδότηση του Ιδρύματος από τους αρμόδιους φορείς, καθώς και η προώθηση των σχετικών διαδικασιών.
- Η υποβολή προτάσεων στα αρμόδια όργανα για την αποτελεσματικότερη αξιοποίηση των πιστώσεων του τακτικού προϋπολογισμού και του προϋπολογισμού δημοσίων επενδύσεων.
- Η σύνταξη οικονομικών καταστάσεων και βεβαιώσεων.
- Η τήρηση αρχείου για όλα τα θέματα της αρμοδιότητας του Τμήματος.
- Κάθε άλλη αρμοδιότητα που ορίζεται από τις διατάξεις της κείμενης νομοθεσίας.