Στις αρμοδιότητες του ανωτέρω τμήματος υπάγονται ιδίως:
- Η παρακολούθηση του νομοθετικού πλαισίου και η τήρηση του αντίστοιχου ηλεκτρονικού και φυσικού αρχείου νομοθεσίας του φυσικού αντικειμένου του τμήματος.
- Η έκδοση μηνιαίων καταστάσεων μισθοδοσίας των μελών Δ.Π. και λοιπού Προσωπικού.
- Ο έλεγχος υπολογισμού μισθοδοσίας, κρατήσεων και δανείων των μελών Δ.Π. και λοιπού Προσωπικού.
- Η τήρηση φυσικού αρχείου μισθοδοτούμενων μελών Δ.Π. και λοιπού Προσωπικού (Φάκελοι).
- Η τήρηση ηλεκτρονικού αρχείου μισθοδοτούμενων μελών Δ.Π. και λοιπού Προσωπικού.
- Ο υπολογισμός και έλεγχος αναδρομικών καταστάσεων μισθοδοσίας βάσει πράξεων του Πρύτανη (χορήγηση χρονοεπιδόματος, μισθολογικού κλιμακίου, εξέλιξη, νέοι διορισμοί κ.λπ.) καθώς και η αντιμετώπιση κάθε σχετικού ζητήματος.
- Η σύνταξη, ο έλεγχος και η αποστολή των ηλεκτρονικών αρχείων μισθοδοσίας και εισφορών σε ασφαλιστικούς οργανισμούς και στην Ενιαία Αρχή Πληρωμών.
- Η δημιουργία και αποστολή αρχείου ετήσιων Βεβαιώσεων Αποδοχών στην Γενική Γραμματεία Πληροφοριακών Συστημάτων.
- Η χορήγηση βεβαιώσεων αποδοχών καθώς και πάσης φύσεως βεβαιώσεων που προκύπτουν από το μητρώο μισθοδοσίας μετά από αίτηση του ενδιαφερόμενου.
- Η μελέτη και εφαρμογή Νόμων, Προεδρικών Διαταγμάτων, Υπουργικών Αποφάσεων, και εγκυκλίων που αφορούν τη μισθοδοσία των μελών Δ.Π. και λοιπού Προσωπικού Η διατύπωση ερωτημάτων στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους καθώς και σε άλλους φορείς του Δημοσίου και Ασφαλιστικά Ταμεία.
- Η συμπλήρωση συνταξιοδοτικών εντύπων με αναζήτηση στα αρχεία μισθοδοσίας και τους ατομικούς φακέλους των μισθοδοτούμενων, στοιχείων σχετικά με τις μισθολογικές μεταβολές που επηρεάζουν τον υπολογισμό της σύνταξης.
- Η καταβολή αποζημιώσεων σε υπαλλήλους Ιδιωτικού Δικαίου Αορίστου Χρόνου (ΙΔΑΧ) λόγω συνταξιοδότησης.
- Η σύνταξη περιοδικών και μη στατιστικών στοιχείων και καταστάσεων που αφορούν τη μισθοδοσία των μελών Δ.Π. και λοιπού Προσωπικού και η αποστολή τους στο Υπουργείο Παιδείας, στο Υπουργείο Οικονομικών, Στατιστικές Υπηρεσίες και τα Όργανα Διοίκησης του Πανεπιστημίου όταν ζητούνται.
- Η εκτέλεση Δικαστικών αποφάσεων που αφορούν τα μέλη Δ.Π. και λοιπού Προσωπικού.
- Κάθε άλλη αρμοδιότητα που προκύπτει από τις διατάξεις της εκάστοτε ισχύουσας νομοθεσίας.