Στις αρμοδιότητες του ανωτέρω Τμήματος υπάγονται ιδίως:
- Η αναγνώριση, εκκαθάριση και ενταλματοποίηση δαπανών.
- Η έκδοση και επίδοση επιταγών που αφορούν τις πάσης φύσεως δαπάνες που βαρύνουν τον Προϋπολογισμό (Τακτικό & Δημοσίων Επενδύσεων) του Ιδρύματος, όπως προμήθειες, υπηρεσίες, μισθοδοσίες, αποζημιώσεις, οδοιπορικά έξοδα, νοσήλια φοιτητών, πάγιες και λοιπές δαπάνες, ενοίκια κτιρίων, κ.λπ.
- Η αποστολή Χρηματικών Ενταλμάτων Πληρωμής και Προπληρωμής του Ιδρύματος στην αρμόδια υπηρεσία του Ελεγκτικού Συνεδρίου προς θεώρηση
- Η αποστολή των απαραίτητων στοιχείων στο Ελεγκτικό Συνέδριο για κατασταλτικό έλεγχο.
- Η έκδοση Χρηματικών Ενταλμάτων Πληρωμής για αποδόσεις στο Δημόσιο και στα Ταμεία των φόρων και των κρατήσεων.
- Ο έλεγχος των χρηματοδοτήσεων του Τακτικού Προϋπολογισμού του Ιδρύματος και η παρακολούθηση του Ταμειακού υπολοίπου.
- Η παρακολούθηση των κονδυλίων Δημοσίων Επενδύσεων.
- Η τήρηση των απαιτούμενων βιβλίων, σύμφωνα με τις διατάξεις του Δημόσιου Λογιστικού.
- Η τήρηση του αρχείου των πρωτοτύπων θεωρημένων Χ.Ε. Πληρωμής και Προπληρωμής και των παραστατικών αυτών.
- Η ενημέρωση και πληρωμή των δικαιούχων επιταγών.
- Ο έλεγχος, η σύνταξη και η αποστολή στοιχείων (καταστάσεις πελατών – προμηθευτών, δήλωση μισθωτών υπηρεσιών, ελευθερίων επαγγελμάτων, εμπορικών επιχειρήσεων, κ.λπ.) στις αρμόδιες υπηρεσίες του Υπουργείου Οικονομικών.
- Κάθε άλλη αρμοδιότητα που προβλέπεται από τις διατάξεις της εκάστοτε ισχύουσας νομοθεσίας